Tüp bebek tedavisi riskleri sadece tedaviye değil gebeliğin oluşturduğu riskleri de içermekte.
Çoğul gebelik: Çeşitli nedenlerden dolayı birden fazla embriyo transferi yapıldığında çoğul gebelik olma olasılığı artmakta ve buna bağlı olarak çoğul gebelik ile ilgili riskler artmakta.
Prematür doğum ne düşük doğum ağırlığı: Tüp bebek tedavisi erken doğum ve buna bağlı olarak düşük doğum ağırlığı olan bebek ihtimalini çok az arttırmakta.
OHSS: Kullanılan ilaçlar nedeniyle çok fazla sayıda yumurta büyümesine ve buna bağlı olarak overlerde şişlik ve ağrı gelişir. Bulgu ve şikâyetler; hafif karın ağrısı, şişkinlik, bulantı, kusma ve ishal. Nadiren şiddetli OHSS ye bağlı hızlı kilo alımı ve nefes darlığı görülebilir.
Düşük: Tüp bebek tedavisinde düşük ihtimalinde normal yolla hamile kalanlar ile aynı. Ancak tüp bebek tedavisi daha çok ileri yaşta yapıldığı için oran daha yüksek gibi görünebilir.
Yumurta toplama (opu) işlemi komplikasyonları: Yumurta toplamada kullanılan iğne nedeniyle kanama, enfeksiyon veya mesane, idrar torbası ve bağırsak yaralanmaları olabilir. Ayrıca eğer yapılırsa genel anestezi riskleri de olabilir.
Dış Gebelik: Dış gebelik ihtimali % 2-5.
Doğum Komplikasyonları: Anne yaşının ileri olması doğum komplikasyonlarında ki artışın ana nedenidir. Tüp bebek tedavisine bağlı bir artış yoktur.
Over Kanseri: İddia edilmiş olmasına rağmen herhangi bir kanser türündeki artış ile tüp bebek tedavisinin ilişkisi bulunamamıştır.
Stres: Tüp bebek tedavisinin fiziksel, duygusal ve finansal yük getirdiği kesin. Destek tüp bebek hastaları için önemlidir.